忍者神龜3基于忍者神龜的動畫系列，讓玩家能夠扮演萊昂納多、米開朗基羅、多納泰羅和拉斐爾這四位忍者神龜，進行一場充滿挑戰的冒險。游戲以其出色的操作感和豐富的游戲內容著稱，玩家可以體驗到每個神龜獨特的戰斗風格和技能。
1、在游戲開始前，按住A+B并同時按下Start鍵，進入游戲選項畫面。
2、在畫面左下角可以看到一個“Special”，按住A+B并同時按下Select鍵進入秘籍調整畫面。
3、在畫面中可以看到各種不同的選項，根據想要設置的具體內容進行選擇和調整。
4、設置完成后，按下Start鍵保存并退出秘籍調整畫面，重新開始游戲即可。
1、自動模式：角色選擇畫面時，輸入P1的下×5，出現“auto mode”字樣，表示成功。之后主角死亡，CPU會自動選擇角色。（也許是為了公平）
2、選關：標題畫面時輸入下，下，上，上，右，左，右，左，A，B，再按START鍵。（角色選擇畫面后進入選關畫面，←→鍵選官）
3、增加接續次數：標題畫面時輸入A，B，右，左，右，左，下，下，上，上，接關次數會增加。（沒多少必要）
4、無限使用必殺技：在體力只有一格時，便可以無限使用必殺技。
關于加分：
本作使用必殺技消滅敵人得200分，使用飛腿或挑擊消滅敵人得400分（令敵人墜落也算），使用普通攻擊消滅敵人得600分，使用井蓋消滅敵人得800分。BOSS的分數則是固定的。此外，過關剩余時間也會計分。（雖然看不到時間）
主角得到5萬分獎勵一命、之后每得到十萬分獎勵一命。雙人玩的時候敵方人數會多一些。每人最多9條命，9條命之后再獎命無效。
關于必殺技：
本作每個神龜都有一項與眾不同必殺技：
達芬奇：旋風刀，可攻擊周圍的敵人，最多攻擊三下。
拉爾爾：鐵頭功，直線沖撞攻擊，能移動一段距離，但只能攻擊一下。
米開朗基羅：蛙跳，最多攻擊一下，但威力很大。
多納泰羅：花滾，短距離沖撞攻擊，最多攻擊三下，性價比較低。
由于必殺技在BOSS戰作用很重要，建議全程選擇達芬奇，他的必殺技對付BOSS效率最高。
一、第一關 海灘
1、純粹的實習關，絕大多數小兵都是最普通的紫衣大腳兵，且開始出現時敵人的反應都很慢，推薦使用普通攻擊(砍死一個600)來對付。要注意不要和他們保持在一行太久，因為他們的飛踢相當厲害(飛踢的時候你攻擊不到他們)。盡量不要被那種紅色、可連發飛鏢的兵“兩面包家”，如果遇到這樣的情況就使用飛踢來對付他們。
2、BOSS羅斯泰迪最好使用米開朗琪羅，站在BOSS以下平面，使用AB大招，六下KO。
二、第二關 海上
1、這關海面上很多地方都會有成排或成群的水兵冒出水面來撞擊主角，盡量能躲避就躲，因為這些兵基本上只有使用大招才能打到。很多地帶都會有帶電的水雷，盡量將周圍的大腳兵都使用挑一擊秒殺，以免腹背受敵。水雷也推薦使用挑，用挑打掉一個可得1000分。兩架水上飛機使用米開朗琪羅的大招可以直接攻擊到并且秒殺，其他人的大招都要等飛機沖下來的時候才能攻擊到。航母上的大炮和激光槍都要砍掉，否則你與小兵戰斗時很容易被它們的炮彈擊中，而且砍掉一個得1600分。甲板上的井蓋里也會突然鉆出大腳兵，小心被撞到(主角同樣會受傷的)。
2、BOSS格郎德恰克如果你技術好的話根本不需要用大招，使用跳躲開他的三連撞，他沖到屏幕兩側硬直的時候使用普通攻擊砍，待他被打掉一半血拽下管子掄你的時候，只要注意隔一段距離一直按普通攻擊，就會出現他的管子怎么也掄不到你，而你每下必砍中他的奇跡(無論你用的是攻擊最遠的多納泰羅還是最近的拉斐爾)。
三、第三關 大橋
1、出現了很多有特殊兵種，但是這關大腳兵的動作都非常慢，如果你技術熟練的話，他們基本碰不到你。注意有些地面上出現的裂口，掉下去會一下損掉兩滴血。你也可以將敵人打掉下去摔死，不過得分要比用普通攻擊砍死低不少。本關的敵兵中還出現了不可挑殺的巖石勇士，拿機槍的使用來回飛踢就行了，要小心他們的掄槍。至于拿工字鋼可以算是最菜的敵兵了，你只要隔一段距離連按普通攻擊或砍一下退一下他們根本打不到你。
2、小BOSS拉什，不要與其站在同一條橫線，推薦使用米開朗琪羅的大招打，費六滴血就可干掉他。而且打死他后還可以得到比薩補滿血。
3、大BOSS比博最好用達芬奇，站在車的左上角卡住他，他的直線攻擊打不到你，而你的大招卻可以每下必中他(這個想必很多人都知道)。用米開朗琪羅也成，打法是站在他以下平面，他掄回力球時使用大招擊中他并落到他身后(反復循環)。
四、第四關 紐約
1、此關小兵動作相當快。其中還會有小兵從井蓋里跳出，并扔出井蓋攻擊你，你只要在他扔井蓋時用普通攻擊把井蓋打回去，就可以“以其人之道，還治其人之身”地干掉他，這樣打死一個可得800分。會飛撲的黃兵的大法是在他撲向你時用挑一擊挑死他。火箭筒巖石勇士的打法和拿機槍的大同小異。
2、BOSS得特拜格，建議使用多納泰羅，引用隧道和上道交替把他引到死角，有節奏的使用普通攻擊一下下砍，由于站位問題，他的鎬鑿不到你。
五、第五關 下水道
1、本關墻壁上有些水管會發生爆裂，注意不要過分靠近它，否則主角也會受傷的。有的地方水里會突然冒出三個大腳兵，要留神(在他們從水中潛行靠近你時會在水面上出現影子)。本關出現的自爆蚊子，可以用飛踢一踢殺掉一個，也可誘使其使用自爆絕技“自取滅亡”。捕鼠器有撲上去咬主角的手，建議用飛踢干掉他們。如果你用的是多納泰羅，可以利用棍子長的優勢用挑來殺掉它們，一個可以得1000分。
2、本關小BOSS 大捕鼠器建議使用達芬奇，在BOSS剛出現時就站到其以上或以下平面，使用大招，只要你發招的速度快，它吐出的捕鼠器不等落地就都被你削死了;五、六下就可以消滅它。接下來由于你發大招，自己的血也沒多少了，后半段建議使用挑來對付小兵(如果你只剩一滴血了就一路狂放大招)。此關在BOSS戰前會得到比薩補滿血。
1、忍者神龜3在操作方面進行了優化，使得玩家能夠更加自然地控制角色進行移動和戰斗，提升了游戲的可玩性。
2、每個神龜角色都擁有自己的特殊技能，增加了游戲的策略性。
3、游戲中的四個神龜角色各具特色，玩家可以體驗到每個角色獨特的戰斗風格和技能，增加了游戲的多樣性。
4、雖然是像素風但是游戲內容豐富且挑戰性非常棒，每個關卡最后都有boss等待玩家去挑戰，如鱷魚、機器人等。
4號棍子龜大招相當于叉子龜的閹割版，大招最弱，但普攻和下挑距離最遠
小時候最喜歡玩的游戲之一，現在仍印象深刻，我記得上挑攻擊后快速轉身會直接把后面的怪壓死，哪怕是第6關要挑3下才死的怪也能直接壓死，兩個人玩的話boss出場前后夾擊，boss一段時間會反抗不了任由攻擊，第7關我唯一遇到過
一次，在大廈頂會滑鏟拖地的怪，一下子滑出屏幕再也不回來了，然后我那一局就卡在哪里過不去了，小時候玩過有3命和9命的卡帶，9命的不能獎勵太多條命不然數量會歸0
